No influye, se puede pedir de alta o de baja médica y trabajando o no. De hecho yo también la pedí por mi cuenta, si estaba de baja pero no trabajando porque se me acabó el contrato al poco tiempo de caer de baja, y me concedieron una IP.
A ellos le gusta que se abra de oficio, estando de baja mientras trabajabas, pero eso no quiere decir que no te vayan a evaluar igual, lo único si estudian darte una IPT considerarán como trabajo habitual el último donde hayas trabajado un año seguidos.
Un saludo