El impuesto se liquida en la comunidad donde radica el bien. Es indiferente a que se vaya a dedicar el piso, salvo que haya alguna reducción para determinados casos. Si habeis comprado al 50%, cada cual liquida su parte. Incluso aunque estuvierais casados en gananciales. Luego para ver si va a a ser vivienda habitual o no habrá que remitirse a lo que diga el IRPF.
Yo te voy a decir lo que yo haría. Para empezar entiendo que estás refiriéndote siempre a dos epígrafes distintos del IAE. Al final hacienda es lo que interesa, el epígrafe en el que estés dado de alta.Tendrías algún problema en el caso de que los epígrafes tuvieran diferente tratamiento fiscal. Por ejemplo que uno te obligara a estar en estimación directa y el otro epígrafe en módulos. O uno de los epígrafes estuviera en un régimen de IVA y el otro epígrafe en otro diferente. Pero si los dos epígrafes están en el mismo régimen fiscal yo simplemente daría de baja el que ya no ejerces.
En cuanto al dinero, como bien dices, pueden pedir su parte, estan en su derecho. Logicamente de la mitad que es propiedad de tu padre, la otra mitad es de tu madre. La vivienda no porque el usufructo sería de tu madre al 100%En cuanto a lo de tus sobrinas, no se que pintan en una cuenta que no es suyo el dinero. En todo caso los hijos. Eso haria yo. Además, aunque este solo a nombre de tu padre y tu madre tampoco la bloquearian. En todo caso, cuando este solo tu madre, os podeis abrir una los hermanos con ella.
Yo estoy en un caso parecido y después de mucho indagar tengo claro que el principal del capital no tributa, los intereses tributan bien como rendimiento de capital mobiliario bien como ganancia o perdida patrimonial (dependiendo de si son intereses indemnizatorios o remuneratorios) y las costas tributan como ganancia patrimonial. Todo tributa en el ejercicio que se haya percibido. No hay que hacer ninguna complementaria de ningún año pues están todos prescritos. Todo lo dicho anteriormente salvo mejor opinión.
Supongo que por intermediario te refieres al broker donde tienes depositadas las acciones. Te cobraran según las tarifas que tengan estipuladas. Por ejemplo ING cobra el 0,20 % sobre el efectivo de la operación. El canon de bolsa no creo que sea mucho, cuando la opa de Abertis en mi caso el efectivo fué de 12mil euros y el canon fueron 1,1€.
A mercado, si la orden se ejecuta en varios paquetes al mismo precio, es una sola comisión. Con valores muy líquidos es lo que suele pasar. Pero si se cruza a varios precios, comisión por cada precio distinto.