Por lo que explicas, tú declaraste, en tus autoliquidaciones, que tenías un grado de discapacidad A EFECTOS DEL IRPF superior al 65%, poniendo que tenías un "4" (incapacitación judicial); y, resulta que, A EFECTOS DEL IRPF (lo pongo en mayúsculas para que entiendas que, a cualquier otro efecto, puede ser otra cosa, pero esto es para el IRPF), sólo tienes reconocido un grado de discapacidad de entre el 33 y el 65% sin necesidad de ayuda de otras personas (es decir: que debiste declarar un "1") porque NO te han incapacitado judicialmente, sino que has conseguido una pensión por incapacidad yendo a juicio contra ISFAS (o el "tribunal médico militar" que corresponda). Y, eso, A EFECTOS DEL IRPF, es una discapacidad "1", independientemente de que la incapacidad sea total, absoluta o gran invalidez, e independientemente de que hayan considerado, en ese organismo, que eres incapaz en un 73% o en otro porcentaje.
Si es eso (que es lo que he entendido por lo que has escrito), ni te han retrasado la devolución pidiendo "cosas que ya tenían", ni "te han quitado" 1.000 euros (sino que los habías pedido tú sin tener derecho a ellos), ni tienes nada que hacer respecto a los otros años: has cobrado un dinero que no es tuyo y lo tienes que reintegrar. Y se explica así que, el año pasado te devolvieran tan tarde (porque dejaron tu renta para revisar y, al final, no les dio tiempo y la liberaron sin mirar). Lo fácil es que te manden una propuesta de ese año 2023 también, así que te aconsejo que hagas una complementaria cuanto antes, porque, de los otros años, ya no hay nada que hacer, pero, de ése, aún puedes evitar la sanción.