El tema está en que la gente cree que, si presenta una renta posterior, la anterior "se anula" y, la que vale, es la última, y no es así: todas son válidas hasta que se demuestre lo contrario. Por eso, si el sistema detecta que hay varias rentas a nombre de una misma persona (en tu caso, la primera y la rectificación), paraliza la tramitación automática (que es la única que hay durante este período, pues los funcionarios no tocan las declaraciones de 2022, ni para bien ni para mal, hasta la finalización del plazo voluntario de declaración) y hay que esperar a que una persona física compruebe lo que ha pasado, cuál es la declaración correcta, si la rectificación es factible, etc, y, por eso, se tarda en ver la devolución.
Resumiendo: si presentas una tercera renta, ahora conjunta, lo único que vas a hacer es liarla más.
Lo que puedes intentar es anular las dos que tienes y presentar una sola y correcta. En algunas administraciones lo admiten. En otras, no. Si perteneces a una de esas últimas, no te queda más que esperar.