Esas comunicaciones de "diferencias" se hacen porque, hace algo más de un año, hubo sentencias reconociendo (aunque no respecto al IRPF) el "derecho al error" de los ciudadanos: que, si nos equivocamos sin querer, no deberíamos tener que soportar sanciones.
Así que, en IRPF, se decidió hacer, dentro del plazo voluntario de declaración, un envío de comunicaciones diciendo que hay diferencias entre lo declarado y los datos que les constan para que, si es un error nuestro, hagamos complementaria en plazo, y así evitamos la sanción.
El problema es que la comparación entre lo declarado y "sus datos" la hace un programa informático; si la hicieran personas, entrarían a tus registros y verían que ya has justificado tu derecho a esa deducción, pero, lo que hace el programa, es mirar tu declaración de 2014 para ver si aplicaste la deducción, con el mismo NIF del arrendador, en ese año, que es el último para tener derecho. Y seguramente tú ese año no declaraste, o lo hiciste sin poner la deducción porque no tenías base. Y por eso te salta el aviso. Pero, como ya has justificado que tú alquiler es anterior a 2015, no tienes que hacer nada: ni presentar la complementaria, ni aportar lo mismo otra vez. Sólo esperar. En julio, cuando puedan revisar los funcionarios, verán que tú declaración está bien y te la devolverán.