Una declaracion complemetaria siempre resulta a favor de la Hacienda , si realizaste un pago , la complementaria te dara un nuevo pago suplementario , que podras ingresar en el Banco como otra declaracion ordinaria.
Si tuviste una devolucion , la complementaria te obtiene una devolucion menor , te dara como resultado una cantidad a ingresar por la diferencia entra ambas devoluciones , y pasa como en el caso anterior.
Pero por el importe que comentas , es mejor que lo incluyas en esta declaracion del 2010 , En Rendimientos del trabajo Pag 3 (I) Casilla 001 en el despegable das Alta Registro y aparece para poner 2 Rendimiento y en esta incluyes este atraso del 2009.
Es tan insignificante la cifra que no afecta fiscalmente a la Hacienda si lo metes en este ejercicio.
Saludos