Bueno, en teoría no los hay, pero en la práctica sí.
Por ejemplo, el tiempo cronológico. Suelen tener un plazo para liquidar tu participación en el fondo de origen. Suelen "coger" la liquidez remanente del fondo a que les obliga la ley para hacer frente a los reembolsos normales y corrientes de los clientes, y "lo retienen" todo el tiempo que les permite la ley en el banco para el cual "trabaja" el fondo origen, generando beneficios para el banco, y no para ti (eso no es una comisión en sentido estricto, pero va en detrimento de las ganancias de tu dinero). Luego, la transferencia de esa liquidez a la cuenta que designe el fondo de destino es otro "gasto de funcinamiento" que se reduce del total liquidado. Eso añadido a otra "triquiñuela" que pueden emplear: Si el gestor tiene digamos 7 días para liquidar tu participación en el fondo origen, puede especular a tratar de "vender" en el momento que más bajo sea el valor liquidativo de la participación en esos 7 días. Lo mismo en el fondo de destino, si el gestor del fondo destino tiene otros 7 días de plazo desde que les llega el dinero de tu "fondo" de origen para "comprar" participaciones, especular a "comprártelo" cuando más caro está en esos 7 días.
Es mi caso personal, de esto ya hace más de 10 años, 3 ó 4 veces que mande traspasar fondos, y era increíble. Desde que daba la orden de liquidación me la calcaban precisamente el día que más bajo había cotizado desde que daba la orden, y en el fondo de destino, al revés, me calcaban el precio más alto desde la fecha valor que habían liquidado el de origen. Empecé a pensar mal, y dejé de operar con fondos.
En este caso, parece que los fondos de Banco Madrid van a desaparecer, es decir tendrán que vender todos los activos (acciones, títulos de renta fija estatal, corporativa, participaciones de otros fondos, etc...) (todo eso sí que lleva comisiones y cánones de operaciones en los mercados de bolsa y valores de que se trate), y con ese dinero adquirir los gestores de los fondos destino elegidos por los clientes, participaciones del fondo nuevo. Además, hablan de que hasta Mayo no "empezarán" el proceso de "liquidación" de esos fondos y "traspaso" a los nuevos. Supongo que es el plazo que darán a los clientes para elegir los fondos destino.
En definitiva, habrá veces que saldrá bien (te venderán activos a precios altos del fondo origen, y adquirirás activos a precios bajos del fondo destino), y otras veces saldrá mal (al revés).