Buenos días,
Exactamente, si estáis en separación de bienes las perdidas de uno no se pueden compensar con las ganancias del otro (si fuera en gananciales no podríais compensar unicamente en caso de perdidas y ganancias respecto al bien privativo).
En todo caso, en gananciales, aunque se pueda por no ser un bien privativo, si se hacen declaraciones individuales, es muy probable que hacienda llamara al que se ha compensado la perdida para que lo justificara, lo justificaría y no habría problema.
Otra cosa es jugársela, habría que ver si te merece la pena por la diferencia, en la declaración ambos ponéis quien es vuestro cónyuge y no viene si el matrimonio es en gananciales o separación de bienes, lo mismo hacienda cruza los resultados y no os llama al ver que sois matrimonio.
Sería menos probable que os llamara si el régimen matrimonial por defecto en donde vivís es gananciales, pero si es separación de bienes (Cataluña, Baleares, Valencia -hasta 2016 era separación de bienes-, o en el Pais Vasco -dónde es un lío porque depende de la comarca que el régimen por defecto sea uno u otro- es mucho más probable.
Aquí lo que convendría es tener un amigo en hacienda que dijera como se cruzan los datos y que tienen en cuenta para pedir justificación o no. Lo mismo hay alguno en el foro.