Si es una RAI "normal" es correcto que te la descuenten del IMV.
Si es una RAI por VG, en la revisión de octubre te lo solucionarán (eso sí, siempre que no la hayas incluido como ingresos en tu IRPF cuando hayas realizado la declaración de la renta, que por defecto el borrador la incluye y la cuantía cobrada de dicha RAI por VG toca quitarla a mano, ya que si no has realizado ese ajuste en tu IRPF, se te computarán como ingresos igual que una RAI normal)