Primero, no sé por qué quieres mirar solo el capital amortizado, ya que al menos en la deducción estatal por vivienda habitual, se incluyen tanto la amortización de capital como los intereses.
Luego, e diría que mires en detalle los recibos de la hipoteca, pues el sistema más usado en España es el francés, en el cual pagas una cuota constante desde que te revisan el tipo de interés hasta la siguiente revisión.
Como cada recibo tiene una cantidad de capital y una de intereses, en el recibo de enero pagas "c1" de capital e "i1" de intereses, siendo la cuota total c1+i1;
pero en febrero, ya debes menor capital, por lo que los intereses son menores -y el capital amortizado, mayor, para que la cuota sea constante: c2+i2, siendo c2>c1 i2<i1.
Una alternativa es el sistema alemán, en el que amortizas todos los meses la misma cantidad de capital, pero van variando los intereses (que serán cada vez menores, por tanto la cuota debe descender mes a mes hasta que toque la revisión de tipo de interés).
En definitiva, diría que tienes que mirar los recibos y sumar todas las cuotas durante el tiempo que fue tu vivienda habitual para la desgravación por vivienda, y solo los intereses durante el tiempo que ha estado alquilada.
Lo que propones de dividir las cuotas (capital amortizado+intereses) de los datos fiscales entre 12 solo sería correcto para calcular la desgravación por vivienda si las cuotas han sido constantes durante el año (no ha habido cambio de tipos de interés y es sistema francés), nunca para los intereses que puedes restar del alquiler, que con cualquiera de los 2 sistemas van a ser distintos cada mes.