Más que consensuado con los herederos, que esto podría resultar contraproducente pues habría disputas por el reparto y lo mismo los anteriores nos ignoran porque piensan que no les dejamos lo suficiente y habría líos desde su firma entre ellos, se debería conocer muy bien la Ley (cosa que suele estar descartada por la desidia general en conocer el CC) o darle a conocer nuestra situación a un notario para buscar la mejor solución posible.
Por lo que me estás contando no es que haya desheredado al hijo en el testamento sino que lo ha preterido (omitido); no obstante en ambos casos habría el mismo problema: impugnación del testamento por lesión de su legítima estricta sin justa cusa.
Yo te diría que lo aportado hasta la fecha que has indicado lo recatases de golpe por el motivo que has dicho y lo otro en forma de renta; no obstante no te vendría nada mal consultar a un asesor fiscal, que no te va a suponer gran esfuerzo económico y te dirá mejor que nosotros, pues le aportarás todos los datos de forma precisa, la mejor opción.
En primer lugar decir que entiendo que cuando dices IRPF te refieres a TPO.
En segundo lugar, y salvo mejor opinión, yo entiendo que va por IVA pues, al no haber declaración de obra nueva (entiendo que no hay pues sino no figuraría como "en construcción") segunda o ulterior transmisión de una edificación, es más, no hay edificación sino una "edificación en proceso".
Y respecto a que haya agua y luz, eso no dice nada, pues podría ser una obra inconclusa donde no hay canalizaciones adecuadas y la luz es de obra.
En principio pienso que también sería lo correcto.
Respecto a la sanción, pueden ponértela pero hasta ahora no he visto a nadie que le hayan puesto una sanción por presentar tardíamente un 037.
Un hijo es un heredero forzoso y por tanto le corresponde la legítima estricta (1/3 de la herencia dividido entre los herederos forzosos a partes iguales, un ejemplo, una madre tiene dos hermanos, pues a cada uno de ellos le corresponde 1/3 x 1/2 = 1/6 de la herencia).
¿Puede desheredarse a un heredero forzoso? Sí, puede hacerse, pero en supuestos tasados, demostrados judicialmente y siempre y cuando no haya reconciliación entre las partes por lo que desheredar es harto complicado conforme la Legislación en España.
Respecto a la cuenta lo correcto hubiera sido que la mitad del dinero de esa cuenta fuera para tu madre (entiendo que estaban en gananciales) y la otra mitad se repartiese entre madre y hermanos conforme al testamento y, de no existir este, conforme la Ley.
Añadir a lo dicho por Leopol que tendrás que ir con el segundo acuerdo firmado que atestigüe que la finca está al 50% por si no tuviera el Catastro constancia de ello.
A mi también me tuvieron empantanado una herencia durante casi los 6 meses de plazo de presentación de ISD, el cual luego tuve que hacer yo deprisa y corriendo; lo cual me vino genial porque perdí el miedo al ISD, adquirí experiencia y perdieron un cliente para toda la vida.