Respecto a la donación, correcto en casi todos los casos (hay algunos muy concretos que no pero dudo que los veas alguna vez en tu vida).
Lo del préstamo es totalmente correcto, legalmente se dice que, en dicho caso, se extingue por confusión, pues uno es acreedor y deudor de sí mismo, lo que carece de sentido.
Efectivamente, si la deuda es de 100 y su hijuela es de 60 habrá de pagar las otras 40 a sus hermanos en las mismas condiciones que se las habría de pagar a su progenitor.
Tal y como bien te ha señalado Joanbe no puede disponer de la totalidad de la vivienda si vosotros tenéis una parte en ella, podrá vender su parte a un tercero, ante lo cual el resto podrá ejercer el derecho de retactro (no tanteo, pues eso sólo es para alquileres), que consiste en que os hacéis con lo que vendió el otro a cambio de pagarle al extraño el precio que pagó por ello; pero en ningún caso podrá vender (por Ley y por lógica) algo que no es suyo.
Por último como muy bien te ha señalado Joanbe también podéis llegar a la disolución del proindiviso, pero intentad hacerlo por las buenas ya que por las malas suele ser muy costoso y lento.
No es en absoluto descabellado lo de ser heredero universal y no tener toda la herencia; un ejemplo de ello es el testamento hecho con la Cautela Socini con un hijo único: el hijo único es heredero universal pero no recibe toda la herencia por culpa del usufructo que ha dejado el causante a favor del otro cónyuge.
La clave para mi es el 124, que lo que viene a decir es que, si la casa vale 40 y el local 60 y ya has pagado 40 puedes solicitar, a priori, que se te quite la hipoteca de la casa.
Y digo a priori porque habría que ver el contrato entero para ver si hay algo que lo impida o así.