El CoronaVirus y su gestión

Pues podriamos estar todos muy tranquilos si cada una de las que vendrán nos van a costar 40.000 muertos. Al cabo de media docena de esas nuestro modo de vida se habria adaptado a su presencia cada cierto tiempo y serian parte del paisaje.
Serian como los tornados de los veranos en el Medio Oeste en Estados Unidos. Si pasa aqui uno de esos seria una catastrofe nacional, alli como los tienen todos los años, ya forman parte de su forma de vida.
Lo grave es que venga una que......no se quede en cuarenta mil muertos. Una de esas que dan para una pelicula (esta no da para una pelicula ). Una que no se conforme con los jubilados.Una que no se solucione con el confinamiento, una en la que la gente se preocupe realmente por su vida (y no por como voy a volver a trabajar, cuando podre ir a la playa o cuando abriré mi negocio).
Dentro de cinco años tendremos el recuerdo de 2020 como el de un mal año, como ahora tenemos el recuerdo de 2008.
El caso es que tenemos un ejercito que nos cuesta una pasta para prevenir un hipotetico e improbable "por si acaso",pero no tenemos  capacidad para hacer frente a  este otro hipotetico "por si acaso" bastante mas probable que el anterior. Lo triste es que tener esa capacidad seria menos costoso que l  mantener un ejercito, pero no parece haber dinero para ello.
Ya veremos si aprendemos algo. Por mucho que aprendamos seguira habiendo estupidos que lo que primero harán será......comprar papel higienico.

Toda prueba en medicina tiene un margen de error. Esto es así y hay que trabajar con ello. Hay algunas con mayor margen de error que otras pero el error existe por pequeño que sea. 

Dicho esto lo que le pasó a tu familiar tiene dos explicaciones:
- la primera y más improbable. El test de PCR inicial fue un falso positivo. Puede ocurrir. Habitualmente por contaminación de la muestra durante el procesado de la misma. Cuando montas una placa de PCR se incluye aproximadamente un 10% de controles para saber si ha habido una contaminacion y repetir en caso de que esta exista. A pesar de ello si, puede haber una contaminación no detectada que de un falso positivo. Es una probabilidad baja, en el caso de la prueba que nos ocupa se estima en menos de un 1% pero existe. A partir de esa primera prueba lógicamente todos los tests dan negativo. 
- la más probable. Tu familiar tuvo el coronavirus, la primera PCR demuestra la existencia de ARN de virus en la mucosa nasal o faringea, el test de anticuerpos es un falso negativo o tu familiar no ha desarrollado inmunidad para el virus (la tasa de falsos negativos según el test que se utilice ha sido muy alta, hasta de un 80% en algunos casos aunque los más utilizados están sobre el30%) y se curó, con lo que el virus desapareció de su mucosa y por lo tanto la segunda PCR fue negativa. 

Lo que no es posible es que una PCR te diga si algo ha estado allí antes. La PCR analiza el material genético en una muestra que se toma en un momento determinado. Punto. Es para lo que sirve y para lo que esta desarrollada. Si, por ejemplo, yo hoy doy una muestra de ropa que acabo de usar y esta llena de mi ADN se puede determinar que hoy mi ADN esta en esa muestra de ropa. Si yo lavo la ropa varias veces y elimino el ADN de la misma y repetimos la PCR la segunda prueba dirá que mi ADN no esta ahí, pero eso no significa que no haya estado, ojo. 

Espero que tu familiar este bien. 

Saludos 

El VIH tenía una forma de contagio muy específica, si, pero además de personas que tenían relaciones sexuales sin utilizar preservativo (que levante la mano el que este libre de culpa) o que compartían jeringuillas se infectaron un número muy importante de personas que padecían hemofilia y un número nada despreciable de personas que sencillamente recibieron una transfusión de sangre. Hubo un número nada despreciable de mujeres jóvenes, sanas y que no presentaban ningún factor de riesgo que se contagiaron por recibir una transfusión durante su parto. En algunos estudios el pico de contagio por transfusión de sangre fue en el año 1995. 

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30110373/?from_term=HIV+transfusion+related&from_pos=2

Pero si, se podía ir a los bares, cierto es que allí no te contagiabas. 

Desde mi punto de vista el tener una sanidad que nos permita enfrentarnos a esto es la única salida, y creo que si, que es preferible tener hospitales cerrados a tener que elegir a quien metemos en una UCI, pero si, es una opinión personal. También coincido en que es preferible tener hospitales cerrados a un ejército bien dotado, y si, también es una opinión personal. 

Saludos

Estupenda explicación.

Querría añadir una observación que considero importante a la hora de hablar sobre la fiabilidad de los test y las consecuencias sobre conclusiones.

No me sirve el argumento de que como la fiabilidad es relativamente baja (90% en PCRs - 70% en test anticuperpos "decentes") ya no podemos sacar conclusiones de ahí. Nada más lejos de la realidad. No podemos sacar conclusiones deterministas perfectas al hablar de un individuo (1 test realizado), pero sí podemos hablar con un alto grado de fiabilidad (intervalo de confianza 95% y bastante cerrado) cuando hablamos de muestras de tamaño significativo.

 Las leyes de los grandes números funcionan.

Más claro: Test anticuerpos con 70% de fiabilidad. Aplicado a mí mismo, me quedo con muchas dudas sobre si he tenido o no el virus y por tanto dispongo de anticuerpos. Si me da positivo correcto, pero si me da negativo, me quedo con un 30% de duda (muy alto). Pero este mismo test pasado a 100.000 personas, si me arroja el 1% de positivos (1000), puedo afirmar con altísima fiabilidad estadística que tendré del orden de 1000/0,7 positivos unos 1.428. Este sería por ejemplo el valor a utilizar para sacar conclusiones sobre población con un dato muy fiable.

Obviamente para ello tenemos que haber ensayado el test de anticuerpos para saber que ese 70% de fiabilidad es, a su vez, un valor fiable.

Un saludo.

Totalmente de acuerdo. 

Saludos

Te iba a poner el gif del "claro que si guapi"...pero como has emulado a Rajoy con  "son unos hilillos " en toda regla te quedas con el segundo

 

 

 
 

CORONAVIRUS

Cèlia Forment i Bori
Foto: EFE
Barcelona. Domingo, 10 de mayo de 2020
2 minutos

 

 

 

 

En la rueda de prensa telemática que ofrece cada sábado el presidente español, Pedro Sánchez, la CNN le preguntó ayer sobre la existencia de un ranking de la Universidad Johns Hopkins de las pruebas de Covid-19 del cual había presumido anteriormente.

Fue en la comparecencia del 28 de abril cuando Sánchez citó el ranking de la universidad para demostrar que España era la quinta del mundo en hacer pruebas de tests rápidos a la población. Ahora bien, este ranking internacional parece que no existe. La cadena americana explica que el mes de abril pidió al Ministerio de Salud que enviara un enlace o prueba que los rankings son verídicos. No respondieron.

Así lo explica la CNN en un artículo publicado este sábado. El medio ha hecho un seguimiento con la Johns Hopkins University para verificar la existencia de este ranking, "pero un portavoz nos ha informado de que no pudieron localizar inmediatamente este informe". Cuando CNN preguntó si Johns Hopkins seguía los datos de las pruebas fuera de los Estados Unidos, el portavoz dijo: "Hasta ahora hemos hecho seguimiento de pruebas a los Estados Unidos, incluidas las comparativas entre estados americanos".

Los rankings que cita Sánchez han sido imposibles de encontrar

A la web de la universidad que trata de coronavirus se informa del número de infecciones y muertes por Covid-19 a todo el mundo pero sólo recoge los índices de pruebas serológicas en los Estados Unidos. Ayer, el periodista de la CNN informó a Sánchez de que no había sido posible encontrar estos informes. Sánchez, que responde las preguntas en directo, se limitó a decir que los números están, y leyó los últimos datos recogidos por el Gobierno.

Cuando la CNN preguntó por primera vez a Sánchez sobre las tasas de pruebas el 28 de abril, el presidente citó los datos que ofrece la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económico (OCDE) que demostraban que España era la octava en el mundo en materia de tasas.

Pero incluso antes de que Sánchez respondiera a la pregunta, el OCDE había emitido un comunicado que corregía sus datos, después de haber reconocido que había incluido erróneamente las tasas de prueba de anticuerpos de España en los números generales, hecho que ya lo dejó en evidencia en la escena internacional.

 April 28, 2020

El gráfico actualizado del OCDE entonces mostraba que España tenía la 17.ª tasa de pruebas más alta, y no la octava, para Covid-19. 

Pero es que además, se están haciendo los test TARDE. Ya no es lo mismo. Ahora son menos eficaces (hay que hacerlos ojo) y sirven sobre todo para dulcificar esta estadística con la que pretende salvar su gestión el gabinete de crisis del gobierno.

El dato importante estaba el 20 de Marzo y ahí no estábamos ni en el puesto 100.

Bueno, nos están diciendo que la PCR tiene una fiabilidad entre el 90% unas y el 99,9% otras. Suponiendo que nos dicen la verdad, cosa muy dudosa dado que aquí se comentan innumerables mentiras, la posibilidad de falsos positivos no es despreciable en ningún caso ni parece la más improbable.

¿Cuando hablamos del 90% de fiabilidad (o el 70%) nos referimos sólo a los negativos o también a los positivos?
¿Puede ser que haya falsos positivos?, lo planteo como pregunta pero lo cierto es que ya se conocen muchos falsos positivos.
P.D. Y ya de paso, ¿qué fiabilidad tiene el estudio de Galicia? Si sólo se han hecho la prueba los que han querido y los resultados pueden dar errores tanto en positivos como negativos, me parece difícil sacar conclusiones con fundamento. ¿El 1% de positivos en una prueba que tiene más del 5% de errores?

¿De dónde sacas que el 1% gallego tiene un 5% de errores? Define ese 5% de errores, por favor.

Una muestra de 50.000 personas voluntarias de entre 60.000 tiene un pinta estupenda, porque además no cabe intuir ningún sesgo entre los que no quisieron/pudieron participar.

Por otro lado, no juegues el papel de purista de la fiabilidad porque con ello lo que haces es mostrar un desconocimiento absoluto sobre la realidad del mundo. NADA es absolutamente fiable. Todo lo que te garantizan que cumple una especificación al 100%, tradicionalmente suele tener 27 fallos de cada 10.000. Pretender no creerse nada por no ser 100% fiable, significa no entender el mundo real en que vivimos !!

Hay que controlar la incertidumbre y tratarla matemáticamente. PUNTO. 

 

MUERTOS POR CORONAVIRUS EN LAS ÚLTIMAS 24 HORAS

El presidente Pedro Sánchez ha confirmado en la conferencia de presidentes de las CCAA que España suma hoy 143 muertos por coronavirus, la cifra más baja desde el pasado 18 de marzo. El número de fallecidos por Covid-19 desde que se desatara la pandemia se eleva ya a 26.621.

Los nuevos casos diagnosticados por PCR suman 621 hasta los 224.390 y las nuevas altas ascienden a 2.214. 136.166 personas han superado ya la enfermedad en nuestro país.

El número de profesionales sanitarios con positivo notificados al CCAES por parte de las CCAA es 48.046. 

Cualquier prueba diagnostica tiene una tasa de falsos positivos y una tasa de falsos negativos. Cualquiera. Si un 90 o un 99% de fiabilidad no nos parece asumible entonces no podemos creernos el resultado de ninguna prueba diagnostica utilizada en medicina. Ninguna. Y no se como se iba a diagnosticar nada en ese caso, porque para muchos diagnósticos clínicos la fiabilidad es muy inferior a las pruebas diagnósticas.  

Vamos, que si quieres pruebas ya puedes usarlas y asumir el margen de error y las limitaciones inherentes a las mismas. Yo creo que es mejor diagnosticar la hipoxemia con una gasometria que mirándole la cara al paciente y la extensión del cáncer de colon con la anatomía patológica que palpando el abdomen. 

Asumiendo que todo tiene un margen de error hay que saber que tipo de error tiene. Los falsos positivos son personas que no tienen la enfermedad y dan positivo en el test. Esto en la PCR esta por debajo del 1% , ya lo he explicado antes. Los falsos negativos, gente que da negativo en el test a pesar de presentar la enfermedad son más elevados, probablemente alrededor del 10% según los últimos datos que he leído. El motivo es que para un falso positivo necesitas que la muestra se contamine. Por el contrario para que de un falso negativo hay múltiples motivos: en ese pocillo de PCR no se cargaron correctamente los reactivos, había poco ARN y estaba por debajo del umbral de detección, ese pocillo concreto no llegó a las temperaturas necesarias por un fallo del aparato, etc. Esto se puede reducir y se reduce con controles positivos (muestras que sabes que tienen el virus) y negativos (sin muestra biológica pero con todos los reactivos) para detectar contaminaciones (falsos positivos) o fallo de los reactivos (falsos negativos), normalmente también se mira si hay alguna zona de la placa donde no sale ningún positivo y los controles se distribuyen uniformemente a lo largo de la placa para enterarte de si hay un problema en una zona del aparato. Por muy bien que lo hagas (y la cosa se ha automatizado mucho) siempre habrá fallos y errores, aunque sólo sea falsos negativos por una cantidad de ARN viral insuficiente para su detección. Esto ocurre como digo con absolutamente todos los tests diagnósticos utilizados en Medicina y con cualquier prueba biológica. 

El mejor test que tenemos para diagnosticar la presencia de infección por el coronavirus es la PCR, yo creo que es mejor usarlo aunque no sea absolutamente perfecto, porque si esperamos al test perfecto ya nos podemos sentar a esperar, pero por supuesto podemos debatirlo. 

Saludos 

Y continuando con el estudio gallego. Me vais a perdonar que no me ponga con el ordenador y haga los cálculos mentalmente. Un 5% de error en una prueba que da un 1% de positivos es que puede haber un 1,05% en lugar de un 1%, el error se calcula sobre los positivos. Si la prueba tiene una tasa de falsos negativos del 70% y te da un 1% de positivos resulta que es un 3% de positivos máximo lo que puedes tener. 

Si has elegido bien la muestra (espero que si) o razonablemente bien, como ves, la diferencia en los números es mínima. Que respondan 50000 de 60000 esta muy bien para este tipo de estudio y no debería aumentar los sesgos, que en todo caso sobreestimarian la tasa de positivos, dado que los que creen que han pasado la enfermedad son más propensos a hacerse la prueba. Vamos, que dar el 1% de seroprevalencia como números absolutos e inmutables no, pero que no va a ser del 10% pues si. Normalmente te dan un intervalo de confianza, que en este estudio no lo he leído, entiendo que porque son datos muy preliminares, pero ya te digo que ni de broma ese intervalo de confianza incluye los dos dígitos. 
Saludos 

 

«Dos meses después, el Gobierno parece seguir sin entender la naturaleza de la crisis»

Coronavirus en directo | Última hora en España, cifras y datos

Narciso MichavilaMADRID Actualizado:10/05/2020 11:26hGUARDAR0

OPINIONES RELACIONADAS

Se cumplen dos meses de la pandemia y de la medición semanal del clima social en España. En la primera ola del tracking de GAD3 para ABC, en el artículo Pandemia y Sensatez, alerté que el virus entraría con virulencia en España. Recomendaba entonces a las autoridades analizar la reacción de los madrileños ante medidas de contención de la pandemia, que para algunos líderes parecían exageradas, pero que contaban con un apoyo social masivo. La falta de previsión y de transparencia ha sido precisamente uno de los déficits en la gestión de la crisis desde su inicio por parte del gobierno. El tiempo no ha servido para mejorar en estos aspectos y, por el contrario, ha hecho empeorar también la valoración de la coordinación del Gobierno con las administraciones y la unidad interna del gobierno.

Dos meses después, el Gobierno parece seguir sin entender la naturaleza de la crisis. La sigue afrontando como si fuera una amenaza militar o terrorista, cuando se trata de una amenaza sanitaria, pero sobre todo económica y social. Cuanto antes les explique el Gobierno a los españoles la envergadura de la crisis económica y de empleo, antes y mejor podremos salir de ella.

No se puede exigir a los ciudadanos un comportamiento responsable contra el virus, tratándoles como menores de edad y ocultándoles la magnitud de esta megacrisis. Ocultándoles incluso, la composición y capacitación profesional de los doce expertos que van a decidir sobre sus vidas. «La Sociedad tiene derecho a pedir cuentas de su gestión a cualquier agente público», reza el artículo 15 de la Declaración de los Derechos del Hombre de 1789.

España no puede convertirse en una anomalía democracia que normalice comisiones clandestinas e impida el libre debate público sobre decisiones que nos afectan a todos. Si algún ciudadano sobrepasara los límites legales de la crítica para eso está la justicia, pero ni el confinamiento del debate público puede ser una alternativa democrática, ni el Estado puede mostrar debilidad para proteger a sus empleados públicos. «El olvido o el menosprecio de los derechos del hombre son las únicas causas de las calamidades públicas y de la corrupción de los gobiernos»: más de doscientos años de historia han confirmado la validez del preámbulo de la Declaración de los Derechos del Hombre.

Pero es que esa mentalidad elitista del liderazgo por imposición, ya no se da ni siquiera en los ejércitos modernos. A los políticos que siguen viendo la lucha contra el virus en términos bélicos les convendría leer al historiador Emile Simpson que, tras su experiencia como oficial en Afganistán, escribió War From the Ground Up: Twenty-First Century Combat as Politics. Es imposible hoy día ganar ninguna batalla militar, política o empresarial poniendo el centro de gravedad de las decisiones en la élite. Imposible.

Por eso una vez contenida la expansión de la pandemia, no tiene sentido que el estado de alarma se prolongue más allá de las diez semanas ya aprobadas, cuando las medidas más importantes para luchar contra el coronavirus –la realización de tests, la protección al personal sanitario, las medidas de confinamiento, el mantenimiento de distancia social, etc– se pueden implementar mejor con la legislación existente, introduciendo los ligeros cambios legales necesarios y en los que hay consenso mayoritario. Salvo que lo que se busque sea seguir recortando libertades y derechos ciudadanos y competencias de otras administraciones con la excusa de la pandemia.