Hola,
Las declaraciones, en su gran mayoría, se tramitan de forma 100% automatizada. No hay un funcionario como un mono comprobando casilla a casilla... más que nada porque sería soporífero, no terminarían nunca y el ratio de error humano sería abismal. Recordemos que hay casi 2000 casillas que se pueden rellenar
Incluso cuando el estado es Comprobando, en vez de Tramitando, también en su gran mayoría suele ser automatizado mediante cruce de datos y una serie de procesos de comprobación adicionales entre diferentes fuentes, organismos, administraciones... Solo en caso de que algo no cuadre de forma flagrante, el sistema lo asigna a un funcionario de la Delegación correspondiente. También hay que tener en cuenta que cada Delegación tiene X funcionarios y que se pueden asignar X expedientes por funcionario... si el sistema determina que hace falta una comprobación manual y no hay funcionarios disponibles, el expediente queda "encolado" hasta que algún funcionario tenga un slot por haber liberado otro expediente.
El tema de la tardanza en la tramitación es un tema más bien de operatividad. La AEAT prevé este año la presentación de aproximadamente 25.000.000 de declaraciones, de las cuales un 70% saldrán a devolver. Es imposible gestionar toda la operatividad de tantísimas declaraciones de forma concurrente, por muy informatizado que esté todo, por eso se produce de forma escalonada y aleatoria (da igual que presentes la declaración el primer día o dentro de 20 días, no hay una "cola de turno"). Es cierto que las declaraciones se gestionan a nivel de delegación pero todo el proceso, comprobación y, en general, cruce de datos es a nivel nacional.
Saludos!