Yo entiendo que la compra OTC te da igualmente la "propiedad" (teniendo en cuenta que siempre hablamos de cuentas omnibus a nombre de tu broker) y no he visto ninguna información que me haga pensar lo contrario. Sí que es cierto que la operativa normal a través de un exchange se supone más regulada, ya que un intermediario de confianza media entre comprador y vendedor para que todo sea correcto, pero yo creo que una vez finalizada la operación y traspasados los títulos da igual dónde los hayas comprado.
Yo por ejemplo opero con el broker alemán Flatex, que permite operar vía ETF con todo tipo de valores, no solo con bonos. Aquí hay más información al respecto y el listado de partners.
En la práctica, la diferencia que veo en la operativa es que aunque las comisiones de la compra OTC son menores (5,90€ fijos), la horquilla BID-ASK suele ser mayor, con lo que hay que echar cuentas. Personalmente he comprado valores de ambas formas y después me aparecen en mi cuenta agrupados, sin diferenciar su origen de compra, indicando que están depositados en Clearstream en "custodia colectiva".
Obviamente la opción ideal desde el punto de vista de la seguridad es hacer la operativa directamente con el Tesoro en cuestión, sin intermediarios, y así es como trabajo yo con el Tesoro Austriaco, pero actualmente el alemán solo permite trabajar a través de brokers.