Tu cuenta inicial era, efectivamente, incorrecta. El criterio FIFO se aplica para determinar qué acciones de las que hay en la cartera son vendidas en una operación de venta. Una vez que tenemos claro cuáles son las acciones que se venden, la variación patrimonial correspondiente (plusvalía o minusvalía) se calcula para el conjunto de todas ellas, como un todo único, de manera que a la hora de determinar qué parte puede estar bloqueada por recompra en caso de minusvalía, ésta se calcula como parte proporcional del todo. Y la liberación de esa minusvalía bloqueada también se va haciendo proporcionalmente a medida que se vayan vendiendo las acciones recompradas, para lo que habrá que tener en cuenta posibles recompras posteriores.
En cuanto al tema del contrasplit que comentas, esta operación no supone una variación patrimonial de lo que tienes, por lo que tu minusvalía, que antes estaba bloqueada en 3.000 acciones, ahora lo está en 30. No puedes aumentar la cantidad a compensar por este hecho.
Lo que sí te afectará es a la hora de desbloquear la minusvalía, ya que ahora realizarás ventas de tus nuevas acciones, cada una de las cuales equivalen a 100 de las anteriores. Esto significa que si antes cada acción que vendieses te suponía liberar un 1 / 3.000 = 0,033 % de tu minusvalía bloqueada, ahora cada acción que vendas te liberará 100 veces más.
Un saludo.