No toques nada, cobrarás los 20€ por el apartado de septiembre alrededor del 6-8 de octubre. Siempre se paga a mes vencido.
Entiendo que cuando dices en la primera frase que te había entrado la nómina, te refieres al 1, 2 o 3 de septiembre. Tiene que haber nómina y apartado (con regla nómina, otras reglas no valen) en el mismo mes, aunque apartes tú el dinero.