Si ya te devuelven la totalidad de lo retenido sin incluir los pagos del convenio, incluirlos no puede modificar el resultado. "Devolver" supone que antes han tenido que "coger" algo. No pueden devolverte más de lo que te habían cogido.
Revisa, en tus datos fiscales, la cantidad que aparece como "retenciones" (de trabajo, de intereses bancarios, etc). Súmalo. Y eso es todo lo que consta en el Tesoro a tu nombre. Es el máximo que se te puede devolver.