Lo correcto sería poner 50% en ambos, pero mientras sólo deduzcas el 50% de la cuota soportada no vas a tener problemas. Eso sí, en el 390 pon la suma de lo que hayas puesto en los 303, sino al cruzar datos...
Sólo una precisión, si vende con ganancia da igual que haga recompra al momento o en dos meses, el hecho imponible ya se ha producido y deberá declarar esa ganancia patrimonial. De acuerdo con el resto que comentas.