Ok, puedes enviarla tanto por vía Notarial como tú mismo.
Imagino que habras pagado la minuta, no puedes impugnar si antes no pagas, y que lo habras hecho dentro de los 15 dias habiles posteriores a recepcion de minuta, que espero te hayan firmado y sellado, sino tienes que tirar de fecha de factura que no tiene por qué coincidir con la entrega de la minuta.
No se si habras seguido algun tipo de impugnacion modelo, la Ocu tiene un formulario para ello en su pagina web , entre otros.
El Notario levantará acta de lo sucedido y tendra que explicar las causas y demas al Colegio tambien.
A ver por donde te sale el Colegio de Notarios, su misión en este caso es aplicar la Ley y retractar al Notario si ha incurrido en mala fe, praxis, error, etc, etc, pero recordemos que los Notarios pagan mensualmente al Colegio de Notarios por lo que realidad, es que en muchas ocasiones se salen por la tangente y tratan con mil argumentos de dar la razón al Notario. No hay que achantarse ante esto, se siguen las vias oportunas y se defienden tus derechos, la Ley es clara ante los aranceles Notariales, y salvo (algo que desconozco) una ley autonómica regule una modificacion a algun RD (que me extrañaria), pero bueno como desconozco no me pronuncio, sería la unica explicacion que le encuentro a que no te den la razon.
Tambien hay en Rankia muchos abogados y algunso de ellos expertos en materia de hipotecas que seguro nos sacaran de la duda y podran orientarte mas adecuadamente.
Pero como bien dice este enlace que te voy a poner (los primeros parrafos a lo que nos ocupa), un Notario no puede a su antojo hacer una minuta de cancelacion de hipoteca, debe de ceñirse a la Ley, interpretarla y aplicarla, no hay más.
http://www.notariallopis.es/blog/i/1240/73/el-arancel-notarial
No obstante esperemos a ver que te contesta el Colegio de Notarios y luego ya valoraremos.
Agotaran plazo de contestacion a buen seguro.
Saludos y suerte